目前消除臭气、废气的方法有很多种，如水洗法、化处理法、燃烧法、吸附法、空气稀释法、掩蔽法、臭氧氧化法、等离子体以及生物除臭法等。有机肥厂家生产中利用最多的还是生物除臭法，此方法是利用微生物的活动来分解、转化臭气来达到除臭的目的。此方法投入小、简单易操作。建议有机肥厂家在条件允许的情况下，建设封闭的原料仓库以及发酵车间、二次陈化车间，这样可以减少臭气以及有害气体在转化过程中的外泄。

在厂房选择时，选择远离居民生活区和居民密集活动区域以及居民生活区域的上风口。

有机肥的很多原料都含有大量水分，比如猪粪、牛粪、鸡粪等原料。在原料堆积和发酵的过程中会有废液流出渗入到地下对地下水造成污染，所以在建设厂房的时间需要对原料仓库发酵车间的地面进行水泥硬化和防渗处理。

粉尘污染是有机肥厂家在生产过程中最主要的污染，需要用心对待，产生粉尘污染的环节有很多。

1. 原料卸入仓库和使用搬运车不同车间搬运时
2. 发酵翻抛原料的时候
3. 利用粉碎机粉碎原料时
4. 肥料颗粒烘干和冷却时

很多有机肥厂家在生产车间都会建造除尘室，使用引风机、除尘器来解决粉尘问题。常见的除尘的设备有：旋风除尘器、脉冲除尘器、水幕除尘器、布袋除尘器等等。这里说明一下，粉尘虽说是污染源，但是这些粉尘都是来源于有机肥的原料，收集起来后，可以加入到原料中发酵后继续生产有机肥。

除了在厂房选址时选择远离居民生活区之外，应尽量选择低噪音的有机肥加工设备；加强设备的维护，避免设备不正常的运转造成的高噪音；安装设备可以增加减震措施；合理规划工厂场地、利用建筑减少噪音；建设绿化带、利用植被吸声等等降低噪音的措施。