决定生物有机肥价格的要素一是有机质，二是菌种。

有机质来源于有机肥，有机肥来源于有机物，有机物不同，有机肥价格也就不同。可以做有机肥的有机物原料很多，城市污泥、风化煤、湖泊沉积物、秸秆、豆粕、畜禽粪便、粮食下脚料等都可以是做有机肥的原料。原料不同，成本不同，自然有机肥的价格也就不同。另外，生物有机肥中的有机物，还必须能够满足有益菌的生存。

有益菌不是一种物质，而是自然界的一大类。不同的生物菌其保存、扩繁需要的条件不同，也造成有益菌价位的不同。比如促进发酵的一类菌，在自然界很好存活，扩繁也相对简单。而木霉菌、多粘类芽孢杆菌等菌种，对生产工艺、生产设备要求较高，因而成本大，价格贵。

巨大芽孢杆菌：解磷(磷细菌)，具有很好的降解土壤中有机磷的功效。

胶冻样芽孢杆菌：解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。

地衣芽孢杆菌：抗病、杀灭有害菌。

苏云金芽孢杆菌：杀虫(包括根结线虫)，对鳞翅目等节肢动物有特异性的毒杀活性。

侧孢芽孢杆菌：促根、杀菌及降解重金属。

胶质芽孢杆菌：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。

菌根真菌：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素(特别是磷)的吸收能力。

光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力部队。

凝结芽孢杆菌：可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体。提高果实中氨基酸的含量。

米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构。

淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫最有前途的生防制剂。